در واکنش به انتقاد گسترده دانشجویان و استادان از آیین‌نامه انضباطی جدید، سخنگوی وزارت علوم ضمن دفاع از این آیین‌نامه، دانشجویان معترض را به خشونت و ارتباط با ضد انقلاب متهم کرد.
در واکنش به انتقادهای گسترده دانشجویان و استادان از آیین‌نامه انضباطی جدید در دانشگاه‌ها، سخنگوی وزارت علوم از آن دفاع کرد و آیین‌نامه پیشین را «نامتناسب» با اعتراضات دانشجویی اخیر عنوان کرد.
در آیین‌نامه انضباطی جدید که روز یکم آذر با امضای وزرای علوم و بهداشت به دانشگاه‌ها ابلاغ شد، مجازات‌هایی که برای دانشجویان «متخلف» در نظر گرفته شد، شدیدتر شده و تا «اخراج کامل دانشجو از دانشگاه»، «اخراج دانشجو از دانشگاه با محرومیت از تحصیل در کلیه دانشگاه‌ها تا پنج سال» و «ابطال پایان‌نامه و رساله و مدرک تحصیلی» افزایش یافته است.
در این نامه خطاب به رئیس دانشگاه علوم پزشکی تهران، از «بازنگری تنگ‌نظرانه شیوه‌نامه اجرایی آیین‌نامه انضباطی» به عنوان «ابزاری برای خاموش ساختن صدای اعتراضات دانشجویان» نام برده و گفته شد که در آن «اصول به شکلی ویرایش یافته که به جای آنکه برخورد انضباطی را حتی از دادرسی منصفانه قضایی، به نگاه تربیتی-پرورشی تلطیف کند، بسیاری حقوق دانشجو به عنوان متهم را حذف و اصل را بر سرعت دادرسی و اثر پیشگیرانه از طریق تشدید مجازات‌ها کرده است.